《12生肖升仙记》讲述了宇宙洪荒、妖魔横行的远古时代，掌管人间诸事的青云帝接到玉帝旨意，以“十二”为纪年方法，十二次月圆纪为一年，并得仙女墨颉从旁协助。墨颉容貌虽丑，却聪慧过人，她与青云帝商议决定，选出人间十二种动物为生肖，掌管时间纪年大权。此后，青云帝与仙女墨颉一起，举行祭天仪式，祭拜天地诸神山川万物，谁知无意中惹恼水灵，水灵与青云帝结下仇怨。
经过重重遴选，鼠、牛、虎、兔、龙、蛇、马、羊、猴、鸡、狗、猪十二种动物荣幸当选为十二生肖，飞升天庭，谁知动物们难守天庭清规，闯下大祸，被玉帝贬下凡间，恰在此时，原先被惹恼的水灵渐入魔道，狂性大发，祸害人间，只有掌管十二时盘的生肖才有解决之法，于是，玉帝顺势下令十二生肖自行聚集，权作试炼。接着。鼠以十二生肖之首的身份踏漫漫长路，在将其他生肖聚集身边的同时，也取得了人类的信任，最后，十二生肖齐心协力，以人类守卫者的身份与洪水猛兽决一死战，青云帝、墨颉，民间百姓，各路动物纷纷前来相助，最终取得胜利，完成试炼，十二生肖众心合一，回到天庭顺利归位。
