《极速档案》是“九七”之后，香港回归到祖国的怀抱，大陆和香港在各方面都扩大了交流与合作。针对一些犯罪分子在两地同时作案的情况，香港警方积地和大陆的公安部门联系，共同打击刑事犯罪分子。按国际刑警中国区领导的指示，靖海公安局的田局长受命领导两地联合行动组的领导工作。
第一案是一个以粮食进出口为幌子，进行走私毒品的案子，在走私团伙的内部，已经有一个我们打进去做卧底的公安马长军，马长军做了走头目李贵媚的保镖并取得了她的信任。在马长军的配合下，终于摸清了整个走私团伙的底细，一举将他们抓捕归案。
美丽的香港刑警黄莉莉被绑架了。香港方面要求其他人继续留在大陆，配合田局长和马长军等人完成破案任务，救世黄莉莉，经过案情分析，发现罪犯的手法有些奇怪，都是攻击长发看轻女性，同时发现罪犯的反常的犯罪心理。大家齐心合力，终于将心理变态的杀人狂绳之以法。
在香港，有一伙疯狂的盗车贼，他们将盗来的各种车辆，经过第三国的边境，走私销往内地，一时间香港，大陆各地都被这伙盗车贼搞得乌烟瘅气，国家海关和公安部要求靖海市加强警力，尽快打掉这个走私团伙，警员敏琪的生父回到了内地，敏琪在和父新的接触中，发现了一些他们公司的不正常的情况。原来敏琪在和父亲母的弟弟正是这一盗窍走私汽车的骨干成员，敏琪的生父最终大义灭亲，帮助警方破获了这一大型的走私团伙。
香港著名的凶罪分子，爆炸专家丁子山对社会严重不满，多次在香港制造爆炸事件，可是最近，在靖海市公司然制造爆炸事件，挑战两面地的治安，破坏香港回归功于后的大好形势，上级责成田局长一定要限期破案，不能让犯罪分子的罪恶阴谋得逞。两地的刑警又再一次了联手破案。丁氏是一伙十分残忍的犯罪分且不怕死。专案组几次击毙了丁子山。可是，他的父亲，著名的罪犯丁肇又来到了大陆，和大陆的警方叫了板。更激烈的战斗进行着……
