《人鱼的童话3》讲述了鲸鱼威利和它的伙伴们重新回到了久别的海域。此时，从前的杰西已经长大，并成为海岸科考队的一份子。十二岁的小男孩麦克斯住在海域附近。他的父亲是一个非法捕鲸手，麦克斯常跟他出海捕食鲸鱼。一次捕食中，他们遇到了鲸鱼威利和它的鲸群。危难时刻，杰西及时出现，拯救了鲸群。但这一次并没有打消麦克斯父亲非法捕鲸的念头。庆幸的是，经过杰西的启发，麦克斯懂得了鲸鱼对人类的重要性。一次捕鲸时麦克斯的父亲不幸落入水中，生死关头，威利却将麦克斯的父亲救起。此时此刻，麦克斯的父亲恍然觉悟，并与威利成了好朋友。从此，海域又恢复了它的宁静与和谐。
