《神奇宝贝宠物小精灵:劲敌对决篇》讲述小智告别了小霞与小刚又和皮卡丘踏上了旅行，可是在路上受到火箭队的干扰使得小智和皮卡丘分散了，后来好不容易找到皮卡丘的时候，皮卡丘却受到港口的神奇宝贝恳求当老大。到底皮卡丘该怎么办呢？
01 熔岩蜗牛，用火热的心来收服!
02 神奇宝贝魔法大变身
03 闪电鸟跟水晶，湖的秘密
04 双胞胎的宝宝丁对抗胖丁
05 呆呆兽之悟，小智之悟
06 假大木博士，神奇宝贝川柳对决!
07 皮宝宝跟皮皮跟流星
08 蚊香蛙的进化
09 竞技公园vs水箭龟、喷火龙、妙蛙花
10 牛蛙君跟拉拉队
11 冰之洞穴
12 小春与迷你龙
13 烟墨道馆的龙之牙
14 快龙的逆袭立起
15 烟墨倒馆最后的徽章
16 道馆徽章与小果然翁
17 龙宫道馆再水中的战斗
18 乘龙之歌
19 保护蛋，在暴风雨诞生的生命
20 炎帝与在温泉的伙伴
21 河马王王者的信物
22 奈奈与电击怪
23 加油吧!由基拉
24 不可思议的安侬
25 班吉拉与由基拉
26 狃拉与圣火
27 白银山大会!与小茂再度重逢!
28 预赛联盟火焰的战斗
29 大菊花vs.妙蛙种子草系神宝的尊严
30 决胜淘汰赛!全体战斗!
31 劲敌对决!水箭龟VS喷火龙!
32 遇上火鸡战士!与羽月的对决
33 全体战斗的成果!!分别的道路!
34 再见和启程
35 和比卡丘分离
