《战后之战》讲述1946年夏，还都南京后不久的国民政府在各阶层民众的强烈呼吁下，向驻日盟军总司令部郑重提出要求，将制造南京大屠杀的元凶之一、乙级战犯石岩夫引渡到中国首都南京进行审判和惩处。
马昀飞，这个被认为年轻毛躁的上尉军官，阴差阳错地参与了两次挫败石岩夫旧部劫救师团长的企图，从而被任命为国防部特勤小组组长。他不顾自己地下党员身份已被怀疑的处境，在党组织支持下，带领四名组员，开始了危机重重的押送战犯历程。
从东京到大连，从天津到武汉，从芜湖到上海……从空中到海上，从火车到驳船，从农村到城市……面对明里暗里交替出现的两股敌人——日本军国主义死三角分子和尚未暴露的军委会汉奸高官，马昀飞等始终以民族大义和国家利益为最高宗旨，艰苦卓绝，斗智斗勇，大义凛然，不畏牺牲，最终将罪大恶极的战犯押回南京，押上法庭;同时揭露了当年出卖三百部下给731细菌部队当“马路大”（试验品）的惊天大案，使得道貌岸然的董玉清中将畏罪自杀。
已经完成任务的马昀飞脱身在际，却惊闻石岩夫旧部劫狱。他不顾个人安危，重又返身扑向险丛中。他的壮举引起始终在监视他的特勤小组副组长孟凡彬中尉的敬重。最终在制服了日酋及其残部之后，孟凡彬追随马昀飞一起乘船跨江，奔向了解放区……
