郑远海怀着建设强大海军的梦想来到部队，基地参谋长鲁淮成为了磨炼他的意志，安排他到最艰苦的地方代职锻炼。一心想上舰的郑远海多次和导水长陈建军发生激烈磨擦。
十几年后，陈建军和郑远海分别成长为海军基地的驱逐舰长和护卫舰舰长。在对抗侵入我领海的不明潜艇行动中，郑远海的智慧与陈建军的勇敢构成了一道坚固的海上长城。然而，在竞选旗舰舰长的关键时旋，陈建军一念之差铸成大错，致使不明潜艇逃脱。陈建军脱下军装的同时，把几代舰长期盼海军强大的愿望寄托在郑远海身上。
郑远海经历无数次挫折失败，最终成长为中国海军现代化的旗舰舰长。
率舰艇编队走向蓝色大洋……
《旗舰》讲述了中国海军新一代舰长成长励志的感人故事……
《旗舰》讲述了郑、鲁两空恩怨离别的真情故事……
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《旗舰》是海军舰艇编队的指挥舰；是新军事变革中新观念的旗舰；是当代海军指挥员综合素质的旗舰；是军队现代化、信息化进程中的复合型人才旗舰……
