《国家机密2》讲述了刺耳的手机铃声将年轻的国安人员林云飞从睡梦中惊醒某军工所的国家机密文件失窃了！案件的侦破随着嫌疑人的被害陷入了僵局，而代号“无面人”的A国间谍将利用特殊装置，在十小时之后发送绝密情报。审讯室中，林云飞利用心理战术，步步紧逼，终于使狡猾的“无面人”露出原形，阻止了绝密文件的外泄！
当林云飞高举酒杯和战友们庆功时，没有想到和A国间谍组织的斗争仅仅是拉开了序幕，更险恶的战斗才刚刚开始。在上司洪子成的精心计划下，林云飞隐藏身份，打入敌人内部，却不得不放弃苦苦追寻自己的女友。
在金梦等间谍分子控制的公司里，林云飞屡犯险境，经受了一次次考验，最终消除了敌人的猜疑，而他的战友石慧，董智超等人一直在暗中保护和配合，与敌人展开了惊心动魄的斗争，终于挖出深藏的间谍头目“国王”，粉碎了A国盗取情报，欲意破坏我火箭试验计划的阴谋。最终抓获了王牌间谍，成功的捍卫了国家机密……
生活一如既往的平静，人们并不清楚身边经历了怎样生死攸关的战斗，我国国安人员不为人知的默默奉献却成为了另一种意义上的国家机密。
