《最后的99天》讲述了解放战争进入最后阶段，距新政协预定的会期还有99天……
武汉开往上海的火车在即将到达上海的时候突然临时停车，廖云山和肖鹏等人秘密上了车。火车再次启动时，陈安被肖鹏的枪口顶住，陈安叛变了！
陈安说出了与储汉君的特殊关系；原为陈家与储家是世交，陈父与储汉君在他出生前指腹定婚，此次他要与储汉君的独生女完婚。陈安的这一身份引起了特派员廖云山的兴趣。
火车晚点半小时进站了。陈安拎着箱子下车，他的穿着打扮跟接头密电里交待的一模一样。贾程程欲要上前接头，肖昆一眼瞥见他的同父异母兄弟肖鹏，他预感不好决定放弃接头，于是冲肖鹏大喊，差点就跟陈安接头的贾程程惊出一身的冷汗。看着贾程程，肖鹏心里总有一种说不出的不对劲。他轻声告诉哥哥，自己正在执行任务让他先离开此地……
