《秀才爱上兵》讲述了自少丧父的女护农陈细妹（郑希怡），性格率真，立志为民请命，所以深得良材县的乡民宠爱，可惜她做事总是过份热心及鲁莽冲动，将新上任的农官谢皇上（马浚伟）误作贼办，二人势成水火，从此，谢皇上对妹避之则吉。
谢皇上的父亲谢苍天（夏雨）为保儿子官运亨通，特意安排才智非凡的戴从文（黎耀祥）从旁出谋献计，又找来四位衙役粥、粉、面、饭日夜贴身保护，可惜谢皇上却遭长沙的贪官陷害，险遭十大酷刑蹂躏，幸妹与文及时赶到，交出先皇御赐的白玉碗作免死金牌，谁料白玉碗原来是假的，文危急智生救回谢皇上。妹与谢皇上二人多番共患难，妹对谢皇上渐生情愫，但谢皇上却怕夜长梦多，与文想出摆脱妹之对策，谁料谢皇上却反遭神秘人追杀……
