《诺亚奥特曼（下）》讲述了黑暗机械帝国大举入侵地球，全球各地都出现了怪异现象。太平洋上空经常有客机离奇失踪，太阳神警备队奉命调查。当警备队到达太平洋上空时发现有只巨大的怪兽正向他们袭来，飞机受挫正要坠毁的时候出现一道神秘的强光，一个巨人身影出现了——诺亚奥特曼，他接住了飞机并和警备队合作打败了怪兽。
在其他出现怪异的地方都有诺亚奥特曼的出现，他是谁？是敌是友？是不是和黑神机械帝国有关系呢？……大家带着种种的猜疑，但太阳神警备队相信诺亚奥特曼是伙伴是英雄，因为他经常和我们在一起，在一起合作击败黑神机械帝国的种种阴谋……
27 仲夏夜的大惊恐
28 助八是敌是友
29 美剑士蒙面白玫瑰
30 横冲直闯梦中的大怪兽
31 大东京，麻痹之舞
32 逮捕脸庞小偷
33 憎恨爱美的小偷
34 被咀咒的亡灵
35 朋友 库加拉察
36 恐怖的蟑螂
37 日见子啊
38 豹朝夫的父亲大人
39 摔挃的野丫头
40 友好的暗杀天使
41 七变化的狸猫幽灵
42 贪睡少年的白日梦
43 你也可以成为天才
44 大逃亡 直升机爆炸
45 银河无敌的电力男
46 女队长的秘密战略
47 机械帝国的叛乱
48 被夺走的巨大航母
49 女王最后的妖魔术
50 闪耀的北极女神
51 最后的胜利
52 再见！诺亚
