《孝庄秘史大玉儿》讲述了拥有“满蒙第一美女”之誉的大玉儿，与姑姑哲哲一样出身自蒙古科尔沁旗，她的姑姑是太宗皇太极之正福晋。大玉儿与皇太极异母之弟多尔衮青梅竹马，终身暗许，却被皇太极纳为侧妃。多尔衮与皇太极结下"占位、逼母、夺爱"之仇。皇太极称帝，国号大清。正福晋哲哲被立为清宁宫皇后，大玉儿被封为永福宫庄妃。
皇太极很爱大玉儿，但当他得知大玉儿仍然心系多尔衮时，对她不禁爱恨交织。皇太极眩晕中风，突然驾崩，未曾留下遗言，帝位争夺誓不可免。恭亲王多尔衮与皇太极长子肃亲王豪格争位不下，彼此陈兵示威。崇政殿上，多尔衮却突然独排众议，坚决拥立大玉儿的七岁儿子福临为帝！吴三桂引多尔衮率军入关，在一片石大败李自成，定鼎燕京。多尔衮迎福临入京，大玉儿闻听万分欢喜，决心拼死保护自己的儿子，捍卫大清前途。多尔衮对大玉儿情深依旧，大玉儿却为了大清基业和儿子的未来，对他若即若离，以柔情拴住他称帝的野心。权力与爱情的煎熬使多尔衮英年早逝，大玉儿无比痛心难过。顺治欲实现“满汉一体，共享太平”的治国理念，引来满州亲贵们的激烈对抗。当年与顺治争帝失败的博果尔之母贵太妃，暗中联合对顺治不满的亲贵，同顺治皇帝做对，甚至密谋废立。顺治与董鄂妃的百死无悔的爱情，造成了满蒙亲贵的仇视。博果尔的死亡，也更激化了反对势力的仇恨与行动。这些冲突都为大玉儿一一化解。顺治对董鄂妃情比金坚，子残妻亡之后，更是郁郁终日，并萌生出家为僧之念。大玉儿依汤若望之密议，立顺治之子玄烨为帝，年号康熙。
大玉儿——即孝庄太后，决心抚养这位少年天子成为明君，以开创大清盛世。
