《神兽金刚》讲述了多年前，野心勃勃、一心想统治宇宙的黑暗大帝危害环境、破坏和平，宇宙盟主北斗星王为了阻止他，在经过一番激烈的宇宙大战后，终于把黑暗大帝冰封于地球极地冰岩之下，使他与世隔绝。为了防止黑暗大帝破解封印，在冰封黑暗大帝之后，北斗星王在地球高僧的指引下发现了地球六只神兽，用北斗星能量和技术制造了六只神兽金刚，并把他的儿子麒麟王和他的守护精灵留守在地球上。这六只神兽金刚分别是麒麟金刚、青龙金刚、白虎金刚、玄武金刚、朱雀金刚和鹰龙金刚。只有六位超异能的人才能驾驭这六只神兽金刚，继而组合成威力无比、象征爱和正义的神兽金刚，保护地球的和平与守护人间的正义。随着地球温室效应的影响，冰封黑暗大帝的冰岩不断融化，黑暗大帝能量逐渐得到了恢复……神兽金刚面对铁面将军制造出的机械兽，不畏缩，不后退，一次次用爱和正义的力量挫败黑暗大帝和铁面将军的阴谋和计划，最终再次把黑暗大帝冰封在冰山下。
第1集 第五名战士
第2集 巨鳄的骚乱
第3集 神兽的由来
第4集 长毛象的复活
第5集 莫名的山火
第6集 巨蚁后机械兽的反击
第7集 地震与海啸
第8集 巨蜥机械兽的降服
第9集 仇恨心魔悄然到来
第10集 恐怖的咒怨机械兽
第11集 奇怪的沙暴
第12集 巨蝎机械兽的灭亡
第13集 无辜的遗鸥
第14集 遗鸥机械兽的转化
第15集 复仇女的阴谋
第16集 令人窒息的凤眼莲机械兽
第17集 黑暗金刚的诞生
第18集 复制金刚之战
第19集 是敌人还是朋友
第20集 黑暗金刚的灭亡
第21集 鹰龙超人的磨练
第22集 水怪机械兽的攻击
第23集 并肩作战的考验
第24集 邪恶的蜘蛛机械兽
第25集 黑暗大帝的诡计
第26集 雪豹机械兽的阻挠
第27集 白虎金刚的意外
第28集 被骗的狂牛机械兽
第29集 青龙金刚的危险任务
第30集 翼手龙机械兽的毁灭
第31集 青龙、白虎金刚的超进化
第32集 暴龙机械兽的覆灭
第33集 铁面将军的阴谋
第34集 黑暗能量的圣甲虫机械兽
第35集 科学院的危机
第36集 大战三头蛇机械兽
第37集 小精灵的故事
第38集 鲨鱼怪机械兽的破坏
第39集 狂妄自大的教训
第40集 螳螂机械兽的下场
第41集 胡博士人质事件
第42集 倒霉的黑猩机械兽
第43集 忠诚与友情
第44集 铁面将军的秘密
第45集 玉石俱焚的计划
第46集 黑暗大帝最后的反击
