《名侦探柯南OVA版3:世纪末的魔术师》讲述了罗马诺夫王朝的皇室密宝“回忆之卵”意外地在日本国发现了！就在铃木财团展出的同时，柯南最强的对手——“怪盗基德”寄出“犯案预告信”，公然宣布将在众目睽睽下夺取这无价的皇家艺术之宝。
柯南、小五郎、平次、灰原哀、小兰一行人，受邀解读预告函线索，不料发生致命的错误！基德成功偷走“回忆之卵”之后，途中却遭神秘杀手狙击，坠海失踪。柯南以新型滑板追踪，惊险夺回“回忆之卵”，却与原稿的设计完全不同，这是究竟怎么回事？
怪盗基德生死不明、服部平次身受重伤、彩蛋之谜尚未解开、神秘杀手再度行凶、小兰也对柯南（工藤新一）的身份起了疑问……
名侦探——江户柯南，终于遇上他一生中最大的危机，同时也是史上最难解的谜团！
