《秦时明月之百步飞剑》讲述了天下已定，乱世未绝。天下第一剑客——盖聂，携故人之子——荆天明，为躲避秦王的追杀，踏上了荆棘密布的旅程。此刻，年少的天明对自己的身世以及未来将要经历的一切仍然一无所知，命运之手却已将一幅绚烂的画卷在其脚下展开。
秦国边界，残月谷，盖聂一人一剑，尽屠300大秦铁骑精兵。这位天下第一剑客以满身伤痕告诉年少的天明何谓真正的强者。
消息传来，皇帝大怒，勒令宰相——李斯务必铲除一切抗秦势力。李斯提出“以江湖对江湖”的策略。
鬼谷传人，原韩国贵族——卫庄，20年前为同门师兄盖聂所败，一生所愿便是击败师兄，夺得天下第一剑的名号。为此其不惜肉身，修炼鬼谷派的禁忌秘术，实力已是深不可测。李斯便以盖聂作为饵，诱卫庄出山。
逃亡路上，天明结识了楚国大将之后少羽，墨家众高手，还有身世成谜的少女高月等人。
卫庄手下的四大天王奇招迭出，对众人步步追杀。
天明等人历经磨难，凭借过人的机智与勇气，终于一一挫败了对手。怎奈卫庄处心积虑，处处设局，天明和盖聂最终还是被逼入绝境。卫庄谋划这一切的目的就是要逼迫盖聂和自己进行一场真正的决斗。
一场等待了20年的宿命之战，在鬼谷派纵与横两大弟子之间无可避免地爆发了。
