《剿杀令》讲述了解放前夕，国民党不甘失败，留下部分部队军火和特务潜伏在黔东地区，联合当地土匪为反攻作准备。黔东地区土匪借势横行，当地名不聊生。
天台寨匪首熊山虎逼迫布依少女陆翠珍做压寨夫人，陆翠珍为了逃避，只能匆匆与当地的首富莫家少爷莫志明成亲。熊山虎对此耿耿于怀。决意血洗莫家庄……
莫六姑因觉财产分配不公，对莫志明怀恨在心，更是对机敏能干的陆翠珍恨之入骨；熊山虎便勾结六姑好设计陷害莫志明夫妇。莫志明中毒身亡，陆侥幸逃过一劫，熊山虎欲趁机侵占莫家庄，但棋逊一招，反被陆一举歼灭。巧取天台寨后，陆成为布依山区首领，与得力干将覃天建立了深厚感情，但由于世俗的门规，覃默默的离开了家乡。
黔东解放后，解放军着手剿匪行动，国民党特务了达到目的，暗杀布依山区长老陆文泽，并放出风声：共产党已下达“剿杀令”，将剿灭所有的“土匪”。陆翠珍对解放军误会极深，她率众进入山区深处，亡命山林。负责前来剿匪行动的正是覃天，他现在已是解放军里的一名排长，为了唤回对解放军正确的认识和昔日感情，他只身潜入山林……
