《梅花档案2》讲述外科医生的吴江川和郑天继是医院公认的天之骄子。一天，农村姑娘白小梅由于心脏病，带着一幅神秘的梅花图住进了新昌医院，却意外的死在了手术台上。手术的失败给主治医生郑天继以沉重的打击，一次又一次的陷入了恐慌之中，甚至让他失去了拿起手术刀的勇气，而他自己也渐渐发生了变化。与此同时，由于在排练中受伤而移植了白小梅的眼角膜的刘白，在移植手术完成后便遭遇了一件又一件怪异的事件，最终患上了妄想症，行为也随之变得越来越奇怪。本来对医院副院长之位势在必得的吴江川，则在刘白的打击下萎靡不振。而对副院长之位毫不在乎的郑天继，是否真的甘愿屈居人下？还是心里有着另一番打算？最终，迷失了自我的刘白能否揭开手术背后的真相？死里逃生的吴江川又将面对怎样的人生？而以善良热心著称的郑天继为了守住内心的秘密该何去何从？面对爱人的种种变化，迷茫的叶珊珊又该如何选择？一次意外揭开一段神秘往事，一双移植而来的眼角膜引出一桩桩惊悚事件，一个错误的决定改变了四个人的命运。在这间小小的医院里，主人公们正一个个的被卷入到一场恐怖与死亡的漩涡当中……
