《黑玫瑰》讲述了一九四二年，中国的抗日战争进入了最艰难黑暗历史阶段，作为国民政府陪都的重庆自然成为日军轰炸的重点目标。万千无辜百姓丧生于战火硝烟中…… 重庆歌乐山一栋别墅里，国民政府国防部保密局遴选出十二位身怀才艺的妙龄女子，组成一支秘密敢死队，专事斩敌酉、锄汉奸、劫取情报，昵称“十二金钗”。姑娘们的家庭出身各不相同，但都与日寇有不共戴天的血海深仇。国民党请来了美国的军事顾问和国内顶尖武林高手担任教官，共产党也派出了自己最为精干的谍报专家赴渝任教，对她们进行了全方位的集训，打造出一支无与伦比的敢死队。训练极为艰苦，如果没有超人的体魄和坚定的信念是绝不可能完成的。姑娘们凭着复仇的一腔烈火，硬把自己锤炼成钢。因此，“自苦人生谁无死，我以我血溅轩辕“成为这支敢死队全体队员的座右铭。
在毕业典礼上，戴笠送给她们一个冷艳的雅号——“黑玫瑰”。她们奔赴上海，破坏了日军代号“富士山上的雪”的大规模军事行动计划；全歼“日本武士精神支柱”的神风队，在国民党右派的暗中设陷下，依旧铲除了，卖国求荣的汪伪汉奸；与号称“不可战胜”的神秘的“樱花皇后”进行了殊死较量，探得了“大和未来”计划的情报。保护了祖国的儿童，避免他们被劫持到日本成为安抚战乱家庭工具……伴随着“十二金钗”一次次胜利完成任务，黑玫瑰这个雅号也不胫而走，它令抗战前线的官兵和占领区的人民欢欣鼓舞，给他们以信心以希望和斗志，与此同时也令日寇和汉奸们闻风丧胆惶惶不可终日。
抗战结束后，国共关系再次僵持，在一次次血腥风雨中，姑娘们逐渐意识到共产党引导人民走向光明的路途才是正确的，这种政治倾向上的改变也成为她们命运上的转折点。戴笠行将就木前，开始亲手杀害这些自己苦心培养起来的精英，一朵朵玫瑰在白色恐怖下凋零了……
面对民族大义，姑娘们舍弃了甜美的爱情和幸福生活，将青春热血抛洒在祖国的大地上。彼此结下的姐妹情深，也幻化成一曲曲动人的悲歌，久久回荡在历史长河中。
