《数码宝贝03》讲述了小学五年级的松田启人酷爱玩数码宝贝游戏卡，有一天在课堂上随手涂鸦设计了一只数码宝贝，没想到它竟然实体化出现在现实世界里了。它就是基尔兽。启人将基尔兽藏在纸箱带回家里，爸妈以为是流浪动物，要求他丢掉，启人只好把它藏在外面，没想到它却跑到学校去偷吃东西，造成全校骚动。
01 幽灵古堡，古乐兽遇险记
02 古乐兽来自数码宝贝世界的紧急呼救
03 与守卫兽的友情，博和也成了驯兽师了
04 基尔兽的诞生之迷，神秘的水底世界
05 对决朱雀兽，撒多格杜兽究极进化
06 真正的敌人出动，四圣兽之战
07 飞舞的究极之花，沙古牙兽进化
08 进化之光，爆裂进化
09 回到现实世界
10 帝厉魔袭击家园，驯兽师的决心
11 心心相连，复活的堕天地狱兽
12 神秘的少女，带来奇迹的杜宾犬兽
13 迎战帝厉魔，突入占领区
14 豪爽的究极战士，裁决兽出场
15 抢救红莲骑士兽，葛拉尼紧急救援
16 守护树莉的力量，堕天地狱兽之拳
17 首都失守，古乐兽的愿望
18 红莲骑士兽真红莲型态，救出我的所爱
