《敌后武装》讲述1938年，日寇铁蹄蹂躏中华大地，冀中平原烽烟四起，曾经当过东北军团长的马本斋毅然举起抗日的大旗，带领乡亲成立了回民抗日义勇队。但在一场与日军精良部队的恶战中，因战术失当，回民抗日义勇队损失惨重，幸遇八路军伸出援助才得以脱险。马本斋断然拒绝了少数投敌分子的引诱，率部参加了八路军，并将队伍改编为为回民支队。地主出身的副队白守仁暗中与投靠日军的哈少福勾结，违反纪律，影响队伍团结，并想骗走队伍投降日寇，马本斋坚决同他斗争，并将其处死。马本斋率领回民支队英勇战斗，队伍逐渐成熟壮大，常对敌人进行沉重打击，令日寇闻风丧胆。
日寇首领山本恼羞成怒，在汉奸帮助下，对我抗日根据地进行残酷大扫荡，给这里的军民造成很大的损失，使这一带的抗日活动转入地下。马本斋带领部队成立敌后武工队，杀回冀中，钻进敌人心脏，开展敌后工作……
