《怒海雄心》讲述了人类大航海时代到来后，大明王朝仍在厉行海禁。此时，西方各国已纷纷殖民东南亚，其武装商船队屡次试图叩开古老中国对外贸易的大门。东消西长的特殊时期，使得海上私销盛行，中外海盗群起。
落第举子萧天远游历东西洋归来，途经福建海安境内，抓了大太监高嵩走私一案，与权贵结了仇。海安县令熊翼鹏从矛盾中却看到了自己升官发财的机会。
海安首富的女儿颜海英擅自闯到台湾北港，才弄清父亲乃是鼎鼎大名的海上商帮领袖。她自作主张将老营银子用于扩建货栈、码头，谁知其父颜思奇已为东度印公司所骗，沦为猪仔。其母和渔船帮帮主冯七姑去救援，又落得一死一伤。作为洋人卧底的掌柜谢长风巧妙挑拨，反而造成海英与逃生归来的七姑发生严重对立。
萧天远本北上京师向朝延进献《平海策》，没料被高嵩所害，打入死牢。因东印度公司攻击东南沿海，他又临危受命，以钦差的身份重返海安。途中，他与颜海英狭路相逢，由此两个人之间开始恨爱情仇，纠葛不断。
大海盗刘虎一趁着洋人来临，北港商帮、渔船帮陷入低谷之机，活动猖獗，以图称霸一方，况且他对颜海英垂涎三尺，加剧了颜家与官府之间的矛盾。此时，熊翼鹏已经被高嵩连升二级，当上了知府。他向颜思齐索巨贿不逞，一边疯狂迫害颜家，一边栽赃于萧天远，使颜海英对萧天远的误会和仇恨进一步加深。
