《黑色婚姻》讲述了阿喜是个只有九岁智商的年轻人，母亲阿萍隐瞒了生父抛弃阿喜时事实，独自做挣钱养育阿喜，虽然生活刻苦，在母亲关爱下，阿喜过着幸福生活。阿喜最钟爱是一种叫做勿忘我的“草根”植物，代表了他对喜爱的人的牵挂。阿喜为送好友阿杰要出城工作，想送“勿忘我”给阿杰，因而走失。阿喜全然不知他的一生从此改变了。留给萍姨的则是无止境地焦急担心和痛苦。
阿喜流浪到一个陌生的小镇，遇上拉三轮车的哑巴老苦瓜。老苦瓜性格古怪孤癖，脾气暴躁，没有人愿意和他为伍，接近他。没有人知道他的真实姓名和过去。初时，老苦瓜尽办法摆脱这个“傻子”，却每每失败。最终从一些看似傻气、简单的话语，竟也蕴涵着许多人生哲理，感动了老苦瓜，两人相依为命。
同时，阿喜又认识了音乐老师的叶岚和摄影师田靖。这三位新朋友在生活面前，有着个人不同问题，表面比阿喜强，其实是不同程度的失败者。阿喜的精神渐渐影响着身边的人，把他们心灵上没有爱和希望的生活，重新添上生命的色彩。
阿喜母亲跑遍不同城镇，边打工边寻找儿子。过程中遇到不少艰苦经历，且认识了不少热心朋友。最后母子千辛万苦下相逢。这次更让老苦瓜受阿喜爱的精神影响，意外地令老苦瓜和妻子相见，让他的破碎生活再次重建……
