《谁是卧底》讲述了1937年，日军铁蹄所到之处，横尸遍野。中国地下党杨公民正为前方抗日阵线筹措的一批药品无法运走而烦恼时，流氓大亨陆生答应了陆生运送烟土的要求，并调回了准备回国结婚的义子林飞。在林飞的计划下，一半药品被顺利运出，另一半杨公民在途中被截回军部，而烟土中竟搜出一箱药品！
两车军火被炸，军费的暗箱操作也遭受重创，国民党军情处处长吴起愁眉难展，决定成立特别行动小组，谍报精英王川被选为组长……
日寇为了消灭心腹之患，采取了残酷扫荡和绞杀，使用了种种阴谋，并组织了专门对付地下党和特别行动小组的特务间谍组织，使特别行动小组面临一次又一次的险境，中共地下情报站遭到毁灭性破坏，城内大部分共产党人被日本特务杀害，只有化名“蓝天”的情报员阿杜幸免于难。日军间谍完成重要情报“剿共一号”，如果日军得到“剿共一号”，后果不堪设想。
一时间，风云乍起，杀机四伏，险象环生，谁是卧底？在这一特殊的战场上，阿杜以超人的勇气与智慧，与潜伏在城内的日本间谍及国民党军统特展开了一番惊心动魄的生死对决，最终能否截获重要情报“剿共一号”？
