《法证先锋Ⅱ》讲述了拆弹专家杨逸昇（郑嘉颖）从英国回港探亲，无意碰上一宗手榴弹案，其冷静机警的处事手法深得高级化验师高彦博（欧阳震华）的赏识及鼓励，昇终加入法证部，并迅即成为部门新星；昇更与阔别十五年的沙煲兄弟——法医作家古泽琛（林文龙）重拾当年情，并替琛快成新郎而高兴。
可惜琛的未婚妻林汀汀（钟嘉欣）在一次爆炸案中不幸丧命，而博在重案组的女友梁小柔（蒙嘉慧）亦难逃一劫，丧失了持枪能力，其工作须交由毒品调查科的马帼英（佘诗曼）接手，由于英办案手法睿智及高深莫测，深深吸引着琛及昇。
综合鉴证智慧、逻辑推理及医学知识，三人为追凶寻证奋不顾身，但在相知相遇中却挣脱不了感情的牵绊；一段法证、法医与执法人员之间的情缘又会……
