《名侦探柯南看不见的嫌犯》讲述了“名侦探柯南”原名叫工藤新一，是一个高中生名侦探，在一次追查一个穿黑衣歹徒行径时，被设计强迫吃下毒药而致身体缩小成一个国小学生模样，为了使自己身 体回复原状，计诱歹徒现身找到解药，工藤新一于是开始设法隐藏身份，有一天他在阿笠博士的家中恰好看到了书架上“江户川乱步”全集，而他爸爸又是“柯南道 尔”的书迷，于是灵感一动，就以“江户川柯南”之名来掩饰身份。并住进女友小兰家里，想找出那些害他变小的黑衣人。又结识吉田步美等人，组成少年侦探团。
276 警察手册遗失事件
277 小小目击者
278 英文老师对抗关西名侦探（上）
279 英文老师对抗关西名侦探（下）
280 疯狂足球迷（上）
281 疯狂足球迷（下）
282 假山流水的古怪（上）
283 假山流水的古怪（下）
284 中华街的雨中幻影（上）
285 中华街的雨中幻影（下）
286 光彦森林迷失记（上）
287 光彦森林迷失记（下）
288 工藤新一的纽约事件（事件篇）
289 工藤新一的纽约事件（推理篇）
290 工藤新一的纽约事件（解决篇）
291 孤岛之花与海龙宫（事件篇）
292 孤岛之花与海龙宫（探究篇）
293 孤岛之花与海龙宫（解决篇）
294 屋形船海钓记
295 被害人回来了
296 爱与决断的冲击（上）
297 爱与决断的冲击（下）
298 法庭对决Ⅱ、妃英理大战九条（上）
299 法庭对决Ⅱ、妃英理大战九条（下）
300 关门海峡的友情与杀机（上）
301 关门海峡的友情与杀机（下）
302 恶意与圣者的游行（上）
303 恶意与圣者的游行（下）
304—307 震动的警视厅，1200万人质（1—4）
308 看不见的嫌犯（上）
309 看不见的嫌犯（下）
310 残留下来的无声证言（上）
311 残留下来的无声证言（下）
312 接触黑色组织（交涉篇）
313 接触黑色组织（追缉篇）
314 接触黑色组织（决死篇）
315 阳光照耀的所在
