《让爱作主》讲述了一个错综复杂的感情纠葛的故事。某卫生局副处长耿林（王志文饰）和医生刘云（江珊饰）是一对结婚数载的夫妻，刚刚走出大学校门的娄嘉仪（徐静蕾饰）和肖天海（王学兵饰）则是一对即将分手的恋人。
当耿林和娄嘉仪相识之后，他们的情感世界在平静的生活背后发生了剧烈的变化，即将步入中年的了耿和医生刘云，在事业的成功与物欲的诱惑面前，既向往又迷茫；在年轻一执着而疯狂的爱恋面前，既羡慕双恐慌。他们试图在对方身上寻找真爱，结果却是由爱而恨，家庭也走向危机。
然而，当耿林与刘云无意中被卷入一桩命案之后，二人重新发现了对方的美好与善良，他们义无返顾的投入到解救对方的行动中。而年轻的娄嘉仪与肖天海在经过了近乎疯狂的感情波折之后也找到了各自的归宿。
