《偷偷爱着你》讲述了远在美国的瑞莃到日本度假时，看到左泉在一次跳高比赛中的优美姿态和一种对跳高执著的精神，就深深地被他所吸引，可以说是一见钟情。为了能时时见到左以泉，瑞莃作了一个大胆的决定：她说服父母，只身一人到日本读书。为了能更加接近左以泉，瑞莃忍痛剪掉一头美好的长发，化妆成男孩子，来到左以泉就读的樱开学园男校就读；非常幸运的是，她和左以泉被分到同一宿舍，但是第二天就被左以泉发现是女生，左并未就此揭穿，而知道瑞莃的真实身份的还有保健室的校医梅田老师。
于是，女扮男装的瑞莃必须面对各种各样的挑战，她危险的男子学校生活之旅就此展开：一开始是得知左以泉不跳高了，接着是单纯率直的秀尹喜欢上她了（因秀尹不知其女生，还一直以为自己喜欢上男生而苦恼）；接着又是受到同学的欺负，再后来是哥哥静希从美国来看她（瑞莃是瞒著哥哥进男校的）……
