《偷偷爱着你2》讲述了在第二宿舍取得了比赛冠军后,校园又恢复往日平静。但瑞莃还得小心保护自己的身份，可作为少女的她，却每每因泉的举止而心动不已。他们的亲密行为，使偷吻了瑞莃并喜欢瑞莃的秀尹妒忌，心里特不爽，因为他到现在还不知瑞莃是女生，还在为自己是同性恋而难受。半夜，瑞莃因为泉没回寝室而难以入睡，决定去泡温泉以消灭自己的胡思乱想。谁知正当瑞莃享受温泉时，竟然遇到同样去泡温泉的泉。赤裸的两人，距离又是如此的近，心跳一下子加速起来……
受邀请，樱开学院与桃乡学院举办运动会。在最后跳高项目上，泉打败了申乐；瑞莃终于如愿以偿看到泉跳高的美丽身影。情人节又到了，大家都忙着去买巧克力送给情人，瑞莃打算买一份送给泉。最后泉接受了，瑞莃十分开心，明白泉喜欢她。可是另一方面，瑞莃又为泉不知自己是女生而苦恼，是不是泉喜欢着男孩子的瑞莃呢？唉，这感情的事情真是太难办了……
