《五朵警花》讲述几个月前，一起看似普通的杀人案件引起了警方的注意。调查发现，王娜娜被杀是她无意中发现丈夫沈龙飞藏在店里的一包摇/头/丸，贩毒团伙把她骗了出去杀人灭口。沈龙飞贩毒的事情暴露之后，黑帮大哥杨中保又派他的上线孙唯一去灭沈龙飞的口，孙唯一在逃跑的时候，被警方开枪击毙了，这使得整个案情的进展都停滞了下来。
正当毫无线索的情况下，葛金亭带了一些被宏达制药厂废水泄漏污染后的水土样本到市里化验。这一行为，惹来了杀身之祸，如果从标本中发现废水是在提炼麻黄素中产生的，那么制造毒品的行为马上就会暴露。紧急万分时，葛金亭又被假警察带走了，案子再一次陷入僵局。这一切的一切究竟是谁在操纵呢？公安局长王建国（程煜饰）亲自布属，将一系列毫无联系的事件和制造毒品的案子联系起来，发现宏达制药厂有很多反常的状况都和一件事情有关，那就是制贩毒品。对于这张隐藏得很深的制毒、贩毒的网络，全体干警抽丝拨茧终将贩毒集团一举歼灭。
