《盖亚奥特曼》发生在另一个时空中，这个时空既不同于昭和时代奥特曼的时空，也不同于迪迦奥特曼和戴拿奥特曼的时空。具有两个在如何保卫地球不受破坏招来体破坏上思想相冲突的奥特曼。故事的前一半展示了他们之间越来越紧张的关系以及两人最后的决战，而后一半则调解了两人的分歧，因此他们才能打败共同敌人。剧中的战队也不同于以前的战队，而比以前也有许多次出场，并且两人在故事开始经常争执。他们的思想就像他们皮肤一样不同。不像盖亚（或是到那时的所有奥特曼），阿古茹完全是蓝色的。盖亚很坚定地去救地球和人类，可同样出生在地球的阿古茹，在一开始只有兴趣保护这个星球，甚至不惜牺牲人类（他和盖亚的分歧就是从这里开始的）。
故事发生的时间设定在2000年。而的都要庞大。在故事中有多种类型的怪兽，除了来自宇宙的侵略者外，还有不少地球的怪兽以及一些未知受天气控制的机器人。
01 捕捉光芒
02 勇者站立
03 名为盖亚
04 天空的我梦
05 另一位巨人
06 嘲笑之眼
07 地球的洗涤
08 46亿年的亡灵
09 救援部队起飞
10 摇滚战斗
11 龙之都
12 野兽包围网
13 傀儡之夜
14 反宇宙的挑战
15 雨停之后
16 阿古茹诞生
17 天之影，地之光
18 阿古茹大战盖亚
19 迷宫的莉莉亚
20 灭亡的化石
21 妖光之海
22 石之翼
23 驱逐我梦
24 阿古茹的决定
25 没有终结的对决
26 决战之日
27 新的战斗
28 热浪袭来
29 遥远的城市乌克巴尔
30 恶魔之茧
31 诅咒之眼
32 似曾相识的未来
33 和传说战斗
34 灵魂激战
35 怪兽的赎金
36 重逢的天空
37 恶魔的第四乐章
38 撕裂大地之牙
39 悲伤的沼泽
40 想见盖亚
41 阿古茹复活
42 我梦对我梦
43 银色之眼伊扎克
44 宇宙怪兽大进击
45 生命之星
46 袭击森林
47 XIG溃灭？
48 死神的反击
49 天使降临
50 地球的呼叫
51 奥特曼之星——地球
