《学警阻击2》讲述了柏翘与立文完成训练，分别被委派在警队担任不同的工作岗位，柏翘加入了冲锋队，成为一名勇猛的前线警员，面对机劫重犯或炸弹狂徒也无所惯惧，立文则加入了特别职务队做侦缉工作——卧底，心思细密，与黑帮头子斗智斗力，江世孝（苗侨伟饰）从台湾服刑回港，除了想尽快找回爱女江悠悠（江若琳饰）修复父女情，便一心部署其复仇大计，他一方面假意向当年害他入狱的黑帮龙头大哥杜亦天（林利饰）投诚，另方面则诱导特别职务队警员钟立文（吴卓羲饰）及冲锋队罄员李柏翘（陈键锋饰）成为自己人，李柏翘态度强硬，坚拒与贼为友，但钟立文却深信可藉此改变江世孝转阵成警方线人，将杜亦天及其社团一并铲除，於是逐步与江世孝建立了一段兵贼错位的师徒关系。柏翘与立文二人一个有明、一个在暗为警队工作，但因身份的冲突以致兄弟决裂，立文更在卧底工作中对是非黑自产生怀疑，两人将要面对友情的考验，也要面对警察工作上的挑战。杜亦天对江世孝常存戒心，故意安插亲信梁笑棠（谢天华饰）以挟制其势力坐大，江世孝早有所料，伺机利用杜亦天的妻子程若芯（周海媚饰）在社团的影响力，助其登上龙头之位，当他以为自己已能掌控一切之时，贩毒生意连遭滑铁卢，江世孝始发现最信赖的身边人比他更懂背叛、欺骗、出卖……
