《导弹旅长》讲述一场陆海空联合军事演习刀光剑影地展开了。红军南方导弹基地正准备反击，不幸被蓝方预警卫星发现，退出战斗。惟有老牌导弹旅“东方旅”进行机动发射，虽比原程序提前15分钟，但还是按总部要求晚了10分钟才摧毁蓝方五号基地。
二炮副司令员仲剑华在一片怅然中结束演习。随后带人巡视航天总公司新型华夏-38导弹的研制情况，年轻副总师冯媛媛的介绍，令中将非常振奋。回北京后便接到军委组建一支新型导弹旅，180天后担负快反值班的指令。
刚通过国防大学博士考试的江昊正与妻子林静休假，突然被召回，出任由东方旅改建的快反旅旅长。50名博士、硕士生也被挑去受训，准备到东方旅担任营、连长。而东方旅副旅长宋豫生却意外接到调离的通知……
