《弹珠警察3》讲述了红宝公主被宇宙海盗“魔鬼比达”及其属下“魔鬼三枪手”追击，弹珠警察白宝与蓝宝勇救红宝，并展开助她找寻父王“波他王”及“水晶钻”下落的冒险之旅。
为维护宇宙的和平，白宝、蓝宝、绿宝及黑宝四人心意合一练成“弹珠神剑侠”，夺回被“邪王比达”抢去的四颗“水晶钻”、找回失忆的波他王并消灭了“邪王比达”，利用“弹珠神剑”的力量消除时空裂缝发展成的宇宙黑洞，挽救了地球的浩劫，全宇宙又再回复和平！
01 古代埃及坦的秘密
02 怪盗鼠小僧宝
03 黄宝大战弹珠警察
04 水晶白战士！出场
05 奇三合体完成了
06 追踪黑宝大行动
07 水晶蓝战士！升空
08 灰宝博士的竞争对手
09 强敌！魔鬼吊儿郎
10 荒野吊儿郎
