《决战时空之塔帝牙卢卡VS帕路奇牙：达克莱伊》讲述了踏上新冒险之旅的小智与皮卡丘，还有小光、小刚，路途上遇见了楚楚可怜的女性“艾莉丝”，并一同前往象征“时空之塔”的白杨镇。在那里将举办神奇宝贝华丽大赛。最近在白杨镇出现了一个来历不明的神奇宝贝，他会让人们与神奇宝贝们昏厥并产生恶梦。在镇里的名士“艾伯特男爵”，为了捕捉而组成了讨伐部队。终于，迫使它出现了，也是人称之为梦幻的神奇宝贝“达克莱伊”。
同时在另一方面，艾莉丝的青梅竹马“东尼欧”，身为科学家的他察觉到空间异常的现象。在白杨镇的上空居然发生了“时空的夹缝”，被称为神的两隻神奇宝贝“帝牙卢卡”与“帕路奇牙”这时双双出现了！绝对不能碰面的两只神奇宝贝，与达克莱伊相遇之时，就连时空都为之撼动，史上最大的战斗将就此拉开序幕！
