《名侦探柯南OVA版:5往天国的倒数计时》讲述了柯南一行人前往露营时，在回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双子摩天大楼。而这摩天大楼的所有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加落成典礼，因与柯南一行人偶然巧遇，一行人在带领之下参观了这座长的一模一样的最尖端高科技双子摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的诡异人士！接着第一个杀人事件发生了……。而且，令人不敢相信的是《黑暗组织》的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络……。最后，柯南的真正身份会被那些家伙发现吗？且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的劝说，尖塔的启用典礼仍继续进行。为了查出这场发生在总楼层高为300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌──也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手──“黑色组织”展开一场史上最恐怖的攻防战……。
