《新忍者龟第3部》讲述了在纽约市一条大街的地下管道里住着四只功夫高强的忍者神龟和他们的老师斯普林特——一只来自日本的超级大老鼠。神龟们各个骁勇善战，身怀绝技，为了维护正义，保卫城市家园，他们同狡猾的巴克斯特·斯多克曼博士、紫龙帮的坏蛋以及一伙神秘且训练有素的忍者展开殊死搏斗，但是……
第93集 虫人
第94集 富家小姐
第95集 米开朗基罗的价值
第96集 异次元空间之旅
第97集 多纳泰罗的学位
第98集 红宝石袖扣
第99集 达芬奇对塔曼斯塔
第100集 斯普林特老师走了
第101集 司机拉斐尔
第102集 巨型昆虫
第103集 外星来客
第104集 兵变
第105集 不明飞行物——达芬奇
第106集 多纳泰罗惹的祸
第107集 克隆多纳泰罗
第108集 我的哥哥是恶人
第109集 变异人
第110集 好青蛙拿破仑：沼泽里的巨蛙
第111集 米开朗基罗与盖科
第112集 又见虫人
第113集 健身陷阱
第114集 垃圾变种人
第115集 雪人
第116集 外星人入侵
第117集 拉斐尔对决活火山
第118集 拉斐尔变脸
第119集 海盗船上的音乐
第120集 苍蝇之王
第121集 全才神龟——达芬奇
第122集 欢迎北极星人回来
第123集 阿蒙圣龟 米开朗基罗
第124集 德雷格归来
第125集 失控的达芬奇
第126集 来自异次元空间的匪徒
第127集 地球消失之日
