《迪迦奥特曼：第二次接触》讲述了约三千万年以前，在地球遭袭面临大异变之时，一位巨人挺身而出，拯救了人类超古代文明。巨人把自己战斗的躯体隐藏在“迪迦之地”后，化成光离开了地球。
到了2007年，就在地球人类向着永恒的和平不断前进时，一批来自太古的怪兽突然出现在世界各地，破坏安定的人类世界。怪兽再次出现！警报！警报！危机再度袭来！地球危在旦夕！梦想、希望、正义、勇气的超级英雄、怪兽终结者-迪迦奥特曼，最终能否把人类从灭亡的危机中拯救出来呢？
01怪兽出没的日子：
海岸边漂着怪兽的尸体。怪兽尸体散发出的臭味危害了人们的生活。胜利队奉命去清理。突然怪兽复活了！胜利队副队长确立了新的战斗方案，去迎战怪兽。但是，怪兽却咬住了胜利飞燕号吊着天然气罐的绳子。眼看危险就要降临到丽娜队员和大古队员的身上，就在这个时候，迪迦奥特出现了！
02第二次接触：
一团诡异的云接近了地球。胜利队崛井队员推测这是居住在空中的闪电人……怪兽忽然出现了，并且吃掉了崛井队员的老师水野博士。崛井队员为了实现他恩师的遗愿，尝试着与怪兽交流。但是，怪兽不听劝说，执意要吃掉人类，迪迦奥特曼最终只能消灭了它。
03降临到地球的外星人：
企图侵略地球的外星人，在接近地球时，遭到保卫地球的宇宙中心的反击。有一个外星人逃了出来。外星人为了报仇，抓走了宇宙中心的七赖技官和他的女儿丽娜。迪迦奥特曼为了救回丽娜父女，与邪恶的外星人展开了激战。
04万圣节的夜晚：
在万圣节的夜晚，胜利队接收了异常信号，立即展开了调查。街上出现了一个奇怪的魔女，凡是吃了她糖果的孩子，晚上就会被她吃掉梦想。看到被吃掉梦想的如同行尸走肉的孩子们，胜利队队员们发誓要让魔女付出代价。但是魔女又变身成了大怪兽，此时，迪迦特曼出现了！迪迦打败了怪兽，救了了受骗的孩子们，让孩子们重新拥有了梦想。
