《迪迦奥特曼：彩虹般的怪兽魔境》讲述了约三千万年以前，在地球遭袭面临大异变之时，一位巨人挺身而出，拯救了人类超古代文明。巨人把自己战斗的躯体隐藏在“迪迦之地”后，化成光离开了地球。
到了2007年，就在地球人类向着永恒的和平不断前进时，一批来自太古的怪兽突然出现在世界各地，破坏安定的人类世界。怪兽再次出现！警报！警报！危机再度袭来！地球危在旦夕！梦想、希望、正义、勇气的超级英雄、怪兽终结者-迪迦奥特曼，最终能否把人类从灭亡的危机中拯救出来呢？
01恶魔的审判：
城市的上空出现了外星人，它们自称是“天使”。人们纷纷赶来观看，却被“天使”所操纵。胜利队的队员们发现这个“天使”原来是以前曾经被迪迦打败的基里艾洛德人，它是想煽动人们把迪迦奥特曼从地球上赶走，迪迦奥特曼对扮成“天使”的外星人进行了正义的审判。
02彩虹般的怪兽魔境：
浩太一家在回家的路上，看到了奇怪的彩虹。当他们穿过彩虹时，却进入了一个古怪的魔境中，再也找不到回家的路。胜利队赶来营救他们，却发现这个魔境原来是怪兽制造的。为了阻止追来的怪兽，迪迦奥特曼同怪兽展开了战斗。最后，迪迦在胜利队的帮助下找到了怪兽的弱点，打败了怪兽。
03看见可奥比克：
在彦野街的附近正在进行着大规模的开发工程。一天晚上，有人在这里看见可怪兽。胜利队调查这件事情的时候，发现怪兽只是在吓唬人类。原来这个怪兽一直生活在这里，不希望这里被开发。在村子被开发的最后一晚，怪兽终于绝望地开始破坏，但是在迪迦的阻止和新城队员的劝说之下，怪兽悲伤地离开了这里。
04呼唤：
为了保护地球和平，全世界都开始了对闪电人的歼灭战。丽娜队员对将怪兽消灭的行为产生了怀疑。究竟如何才能保护地球，不受到怪兽的侵害呢？这些怪兽都是因为人类破坏了自然生态而产生的，说这话的丽娜队员却被人们所漠视，只有大古队员找到了自己战斗的目标。最后，闪电人对人类彻底失望了，终于全都离开了地球。
