《迪迦奥特曼：南方海峡》讲述了约三千万年以前，在地球遭袭面临大异变之时，一位巨人挺身而出，拯救了人类超古代文明。巨人把自己战斗的躯体隐藏在“迪迦之地”后，化成光离开了地球。
到了2007年，就在地球人类向着永恒的和平不断前进时，一批来自太古的怪兽突然出现在世界各地，破坏安定的人类世界。怪兽再次出现！警报！警报！危机再度袭来！地球危在旦夕！梦想、希望、正义、勇气的超级英雄、怪兽终结者-迪迦奥特曼，最终能否把人类从灭亡的危机中拯救出来呢？
01黑暗都市：
大城市里突然出现了吸血鬼。杂志社记者小野田告诉宗方副队长，5年前，他的同事雪娜去了解一种怪病，从此再没有回来，据说是受病毒侵袭，变成了吸血鬼，胜利队包围了吸血鬼的大本营，和迪迦一起同吸血鬼展开了战斗。
02南方海峡：
泽井总监乘坐飞机去外地参加世界会议，却与TPC总部失去了联络，不久，传出了泽井总监将成立世界统一国家的消息。胜利队立即前往搜索，吉刚局长也参加了搜索。就在吉刚局长和大古即将救出被外星人围困的泽井总监一行之时，巨大的怪兽出现了。在胜利队的帮助之下，迪迦打败了怪兽，消灭了外星人。
03沉睡的少女：
有一个沉睡了二十多年的外星人突然“苏醒”，并且袭击了丽娜队员，外星人借助丽娜的身体，进入飞船，唤醒了机械怪兽古瓦目。外星人企图利用巨大怪兽来改造地球。大古为了救出丽娜，变成为迪迦奥特曼起飞了……
04超越时空的微笑：
曾经消失的船舶和飞机突然之间又出现了。野瑞队员奉命调查同这些船舶一起出现的少女，却发现这个名叫手冢百合的少女出生在九十年前。随后，怪兽出现了，原来全是怪兽在作怪。胜利队开始了击退怪兽的战斗。
