《战斗王EX》讲述了徐风收到他梦想的名牌大学——海门大学的入学通知书。这所大学曾是他爸爸、妈妈的母校，但一封附带在通知书里的信件使除风十分震惊，原来此信是一位自称是他爸爸、妈妈导师的人写的，希望他24小时内马上到海门大学来见他。
在海门大学的一间实验室里，徐风见到了古怪的古教授，原来父母受古教授之命，此前正在从事研究“超空间”的课题，由于研究的深入，结果他们神奇地开启了二度空间，见到了掌管“超时空”的长老莫能，并帮助长老对附魔派首领幽龙，把五块“风火雷电雨”晶石带回地球，令晶石恢复能量后还给莫能封印幽龙。没有料到幽龙提前苏醒，并派出魔行者来争夺五块晶石。危急时刻，徐风父母预感到自己将来危险，便将5块晶石分别隐藏起来，秘密就在“陀阵”里…
由此，徐风开始了寻找晶石和陀螺战士的艰难历程，他们开始智慧，克服之间的误会以及争分夺秒，不断战胜幽龙派来的“魔行者”，最终，他们终于找到所有晶石，在长老莫能的指引下，徐风和他的陀螺战士们奇迹般完成了“空间归宿”陀螺招术，与魔派的幽龙展开终极对决，最后战胜幽龙，将晶石还给莫能，解救了自己的父母，阻止了时空的崩塌。
