《神奇宝贝武斗道馆》超世代最伟大的精灵，用自己的勇气和智慧进行战斗！
小智带着要成为小精灵训练大师的决心和皮卡丘来到了宝石大陆，遇到了刚刚开始使用宠物小精灵小遥和她弟弟小正，还碰到了老朋友小刚！他们在宝石大陆还收服了很多新的宠物小精灵！他们着手进行一次伟大的冒险活动！他们要成为超世代最伟大的精灵而努力！他们决定在这个遥远的小岛上用自己的勇气和智慧进行战斗，他们要在最终的决斗中取得胜利！
DISC 1
第25集：秘密之池！好多水跃鱼
第26集：长鼻叶族的袭击！
DISC 2
第27集：火岩队对抗水舰队！秘密基地的战斗！
第28集：狩猎凤蝶与毒粉蝶！进化之后！
DISC 3
第29集：勾魂眼的惊奇！？
第30集：格斗少女与玛沙那！暴风雨之中！！
DISC 4
第31集：武斗道馆再战！乘浪的战斗场地！
第32集：弃船！悄悄靠近的影子！？
DISC 5
第33集：小遥的劲敌！特训！小精灵华丽大赛！
第34集：最初拿到的小精灵，大混乱！
DISC 6
第35集：小遥！初次挑战小精灵华丽大赛！
第36集：保护海之博物馆，火岩队的袭击！
DISC 7
第37集：美女与野兽？狡滑天狗和乔伊小姐！
第38集：正电拍拍与负电拍拍，山上的灯塔！
DISC 8
第39集：唱歌！神奇宝贝戏法屋！
第40集：紫菫道馆，铁旋的电击战斗！
DISC 9
第41集：木守宫的新绝招，西瓜田的种子机关枪！
第42集：电萤虫与甜甜萤，爱的舞蹈！
DISC 10
第43集：飞吧宝贝龙！迎向明天！
第44集：小霞登场！波克比与梦幻王国！
DISC 11
第45集：海市蜃楼的另一边！波克比的乐园！
第46集：战斗家庭四对四！
DISC 12
第47集：向尾喵与芳香疗法！
第48集：猫鼬斩对抗饭匙蛇，宿敌大对决！
