《康熙王朝》讲述了清顺治十八年，恶疾天花袭击皇宫，皇帝爱妃命丧黄泉，顺治痛不欲生，立意遁入空门。危急之际，孝庄太后力挽狂澜，下令“改朱批，行蓝批”并将天花大病初愈年仅八岁的玄烨推上龙座，成为康熙皇帝。
康熙即位以后，鳌拜等权臣威迫有加，连孝庄太后也只好含辱。鳌拜“亲政”开始，康熙改归皇权，权臣竟图废君改朝，康熙被迫殊死相争，最终智擒鳌拜，肃清政敌。
吴三桂等“三潘”拥兵自重，独霸一方，康熙年轻气盛，下旨撤潘，引发三潘之乱，朝廷兵将屡被吴三桂击败，明皇后裔朱三太子也乘机举起“反清复明”的大旗，太监造反，宫廷大乱，康熙陷入绝望，意欲退位。在孝庄太后的怒斥与激励下，康熙重振精神，起用汉臣周培功，与吴三桂拼死一搏，取得了最后的胜利。
中国康熙年代，已是国富民强，一片盛世景象。
郑成功后裔郑经割台湾岛自立，不肯归降，蒙古葛尔丹也磨刀霍霍，推崇元大都立誓杀回北京。康熙为安抚葛尔丹将爱女嫁葛尔丹，暂缓西北局势，然后起用明将施琅一举收复台湾，继而调转枪头率二十万大军，在辽阔的草原上进行了殊死的决战，全面消灭葛尔丹的余部，完成了中华民族版图的统一。
凯旋班师以后，孝庄太后归天，太子与权臣结成同党，意欲提前即位。康熙废除太子，引发夺嫡之争。
“千叟宴”上，康熙即将宣布“立储”遗旨，却猝死在龙座上，诏书随风飘落玉阶，无人知晓它的神秘。
