《湄州岛奇缘》讲述一九四六年国内战争最艰苦时期，一批被日本侵略者从台湾掠到海南做苦工的台湾民工们他们受尽日本人的凌辱全力反抗，与他们展开了生死较量……
解放后他们终于盼来了返乡的轮船，可船在海上失去动力老天抛弃了他们，祸不单行，屋漏又逢连阴雨林志雄的妻子阿清马上就要生了，在这紧要关头这群受苦的劳工得到湄洲乡亲们的救助，阿清生下了林海祥和林海安一对双胞胎，分离在即他们把林海祥留在了湄洲岛上，带着难舍的情缘离开湄洲返乡台湾，从此数十年隔海相望两地相思……
五十多年后，寻亲的林海安之子（林永吉）在湄洲失足落水被杨秀湄所救，在时间飞逝的日子里他们默默相爱了，老天造化弄人永吉的母亲发现秀湄竟是永吉的堂妹，为怕日后悲剧发生于是断然阻止他们来往，痛苦欲绝的秀湄，心冷彻骨的永吉。他们的伤痛让一个父亲讲述了一个一个辈子也不愿意讲述的离奇而又让人心动的往事……
妈祖保佑相爱的人终成眷属，分离多年的亲人终于相聚。盛世先祖香火盛，两岸同宗又同心，天欲终将化为通途。
