《剑谍》讲述了1939年底，长沙会战后，抗战进入僵持阶段。同时，汪精卫在上海加紧了伪国民政府的成立步伐，这使得军统在上海的锄奸行动更加频繁地展开……
此时，一位特殊的人物从日本来到了上海，他就是汪精卫内阁的重臣——秦文廉。秦文廉来上海是为了完成汪精卫与日本秘密卖国协议的签署，使得汪精卫伪政府可以顺利成立。军统冯如泰小组执行了刺杀秦文廉的行动。与此同时，中共地下党领导人江虹也接到了延安方面的命令，要从秦文廉处获取一项重要情报——汪精卫与日本人签订的卖国协议内容。这是一份绝密的卖国文件，只有将这份文件公之于众，才能彻底揭露汪精卫的卖国行为，使日汪的和平谎言败露。这样的形势使冯如泰小组的狙击手方滔陷入了两难境地，原来他是中共长期潜伏在军统内部的卧底。这一次，冯如泰要暗杀秦文廉，而中共特工小组领导江虹要方滔确保秦文廉活着。日本谍报头目小泉从这次的刺杀行动中感觉到军统和中共都已经盯上了秦文廉，为了确保《日汪协议》不被泄露，小泉布置了严密的保护措施，甚至在关键时刻，不惜杀秦文廉灭口。
冯如泰小组在执行刺杀另一个参与《日汪协议》谈判的汉奸梅思平时遭到日本人的伏击。只有方滔和女组员向非艳生存下来，二人都觉得内部有了叛徒。此时，江虹的诊所也遭到身份不明的人破坏，电台被毁，江虹在枪战中受伤被巡捕抓获。为了在军统和中共两方证明自己的清白，方滔出生入死组装了电台。重庆方面要求他完成刺杀梅思平的任务以澄清自己；另一方面，他开始积极的营救江虹。为了《日汪协议》大白于天下，方滔一定会去银行里开保险箱拿走日汪协议密件。小泉提前在银行门口设了埋伏。方滔也知道小泉一定会在此设伏。最后的决斗在银行门口上演……
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