《宠物小精灵神秘超级英雄篇》讲述了小智为了要成为一流的小精灵训练家，而必须踏上修行的旅程接受考验。不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其它人晚了一步。好不容易从博士那里领来没有人要的“皮卡丘”，谁知“皮卡丘”却难以照料又特别固执。
01 接棒决斗！最后的道场
02 鲤鱼王进化的秘密
03 蚊香蝌蚪的小霞
04 胜利者杯，全员大对决，六VS六！
05 最后战斗，快龙登场
06 再见，乘龙
07 顽皮弹大爆炸
08 真新镇，我回来了
09 宿敌对决，小智对抗小茂
10 落叶镇！吹起开始之风的地方
11 投手的菊草叶
12 赫拉克罗斯对抗大甲
13 果然翁与神气宝贝交换会
14 杰尼龟队燃烧斗志！想火一样
15 好多乌波
16 胖丁对抗布庐
17 黑暗神奇宝贝
18 小锯鳄是谁的？小智对抗小霞
19 盔甲鸟对抗火球鼠，钢铁之翼
20 小锯鳄跳现代的舞步
