《奥特曼新世纪传说3》讲述了广袤无垠的宇宙中有一颗星，叫做哥斯星球，梦想着有一天能控制整个地球，并不断派怪兽来地球搞破坏活动。地球保卫队是一个旨在捍卫地球安全，专门解决突发事件以及防止外星人和怪兽侵略地球的组织。俣卫队队长立花信也被哥斯人杀害，因公殉职。他的弟弟立花直树（奥特航空公司的飞行员）对哥斯人的暴行恨之入骨，下决心消灭哥斯人为哥哥报仇。看到立花信也和立花直树为了帮忙讨伐哥斯人、保卫地球而不顾个人安危，安莫仑星人赐予立花直树一个神奇的武器——机器人奥特曼。奥特曼平时可以变身成为立花直树驾驶的滑翔机。立花信也送给弟弟的手表也被赋予了神奇的力量，当哥斯人出现时，手表就会发出绿色光芒作为信号。有了奥特曼的帮助，打败前来侵略的哥斯怪兽，拯救人类，保护地球。
第一集 奥特曼的诞生
第二集 复活 奥特曼归来
第三集 抢夺钚原料的假冒奥特曼
第四集 鏖战连体怪兽
第五集 走进冰之地狱
第六集 马德科恩的完结
第七集 圣诞老人摇动魔鬼之铃
第八集 死神的威胁电话
第九集 魔鬼的金链
第十集 汉田山的秘密
第十一集 惊现 恐怖的巨鸟怪兽
第十二集 机器人敢死队
第十三集 骷髅湖
第十四集 加油，伯莫斯一号和伯莫斯二号
第十五集 机器人计划
第十六集 魔咒之针 巴巴拉斯的反击
第十七集 鹰号杀手
第十八集 魔鬼机器人与地狱之镜
第十九集 铁翅昆虫怪兽和死亡沙漠
第二十集 撒旦科恩最后的计划
第二十一集 奥特曼与奥特曼的对决
第二十二集 达蒙科恩的反击
第二十三集 破坏时间的咒语
第二十四集 东京的最后时刻
