《圣斗士星矢海皇篇》讲述了世界各地不断降下豪雨，海啸及大洪水更造成无数人命的伤亡。原来沙织在亚斯格特给海水卷走后，被带到海王波士顿的海底神殿。沙织发现海王就是曾经向沙织求婚不遂的希腊船商之子祖尼安·梭伦。波士顿这次复活过来，是为了称霸由阿西娜守护着的大地，所以降下大雨，肃清大地。波士顿再次向沙织求婚，一起统治大地，但是立刻被沙织拒绝。星矢瞬在希露达及弗莉亚的帮助下在亚斯格特传说中的禁断之地找到能够通向海界的黑暗之地，二人更被吸进漩涡中。星矢瞬醒后发现身处海底，同时遇上了人鱼姬狄蒂斯。星矢的流星拳把狄蒂斯的绝技破解，但是却出现了自称实力最强的海斗士海龙，轻轻一击把星矢及瞬打倒在地……
01 海皇波士顿！圣战开战
02 粉碎！七大巨柱
03 神秘的光辉！金色的青铜圣衣
04 危险！瞬的！可怕的魔兽之牙
05 魔兽之战！不灭之黄金锁链
06 圣剑！栖宿在右腕的修罗之灵魂
07 残酷的梦！重逢充满死亡的气息
08 心之猎人！冷酷的琉姆迪斯
09 艾撒！拥有冰冷的心的男人
10 加油贵鬼！悲哀的死斗！
11 听吧！美妙的雅典娜歌声
12 伴友啊！死也要在一起
13 两个的灵魂！海皇复活之迷
14 射杀海皇！黄金的一箭
15 发光吧 友情之星！永远之少年传奇
北欧篇
01 兄弟情 薛度！在祖国长眠吧
02 高尚的勇者！传说中的骑士苏醒
03 龙对龙 十万分之一秒的取胜机会
04 海魔女！美优的死亡乐曲
05 奇迹出现！奥汀圣衣
06 雅典娜！永远高贵的祈祷
