《父亲的战争》讲述在1950年的鄂西，是全国最后一个匪占区，文沙场更是匪患的重灾区。文沙场豪坤覃慕文的儿子覃天恕和义子关勇波，在去省城求学的途中，遭到土匪绑架，关勇波顶替覃天恕当了土匪。犁川县委副政委罗大成从土匪的枪下救出关勇波后，送他上了革命大学，成为一个共产党员，关勇波学习结束后，被分配回家乡文沙场，开展清匪反霸革命斗争。
关勇波回到文沙场的第一天，潜伏下来的国民党特务、冒名顶替的翟队长就镇压了当地豪绅覃慕文和冉五爸。为报杀父之仇，覃天恕未婚妻田缨寄托在姑妈家，独自回到文沙场，组织家丁族人，从工作队眼皮子底下取出武器，覃天恕成为文沙场新生的土匪匪首。由于潜伏的特务翟队长向土匪提供情报，致使大战失败，我军独立团的一个连战士全部牺牲。关勇波被撤去队长职务……
蒋团长绑架了天儿和田缨，要挟关勇波和土匪合作，把解放军独立团引诱到埋伏圈中。为了全歼蒋团长的部队，关勇波只身赴蒋团长的约会，终于消灭了文沙场的国民党残部这股政治土匪。天儿和田缨却双双死在土匪的枪下……
在关勇波的感召下，覃天恕终于向人民政府缴械投诚。潜伏的国民党特务翟队长，不甘心土匪势力的土崩瓦解，他不断挑衅，迫使覃天恕反抗，被共产党误为诈降分子。在覃天恕被押往县政府的途中幺姑发动攻击，抢走了覃天恕。就在攻打掼匪跛豪老营星斗山前夕，幺姑为了让覃天恕跟着关勇波走，用最后一颗子弹自杀……覃天恕自知回头已经太晚，隔着山头，向他的哥哥关勇波要最后一颗子弹……
