《美猴王9》讲述深邃的丛林之中，一只憨态可掬的熊猫正在吃着竹叶，不远处一个巨大的猛兽正要向他扑来，而熊猫竟然毫不在意。石猴顾不得多想，忙奔上前去要救熊猫。却见熊猫平静地看着扑面而来的猛兽，伸出圆乎乎的小胖手。就在熊猫的手与猛兽接触的一刹那，猛兽立即平静下来，亲热地舔着他的脸颊。石猴看得瞠目结舌，认定熊猫就是菩提祖师，倒头便拜。可熊猫微说自己并不认识什么菩提葡萄。石猴闻言，不由有些失落。
当石猴他们正打算离去时，听到熊猫说方寸山上有个什么斜月三星洞，要想去那个洞，必须等到天亮才行。熊猫还告诉石猴，原来方寸山有一个子午鸡报时，每当它叫的时候就会日出，可是最近子午鸡的报时珠突然丢了，所以必须先帮子午鸡找到报时珠才行。熊猫一边说着，一边向丛林的深处走去。恍惚间，石猴好象看见熊猫的背影变成了一个白胖老头。待石猴要看个仔细的时候，熊猫已经不见了踪影！
石猴三人找到子午鸡的金笼。他们钻木取火点燃火堆，报时鸡缓缓醒来。待三人问明报时珠被窃的前因后果，石猴知道是一只山中蟾蜍设计所为。于是石猴和小白龙、人参果三人用萤火虫灯骗贪婪的蟾蜍现身。三人让蟾蜍以为荧火虫灯是个无价之宝，使得蟾蜍软磨硬泡非要用报时珠来换萤火虫灯。三人上拿到报时珠便兴冲冲地赶了回来，可子午鸡却对三人说，这个报时珠是假的。
三人决定再找蟾蜍算帐，可狡猾的蟾蜍将自己的洞府隐藏得极好。石猴让萤火虫带路去找到蟾蜍。最终三人跟着萤火虫找到了蟾蜍，逼着蟾蜍交出了真的报时珠！有了报时珠的子午鸡打鸣叫早，声扬数十里，石猴、人参果和小白龙终于看到了方寸山的白天。
天庭那边，李天王带着天兵四处搜查可疑人等，情势危急，金角银角带着玉兔东躲西藏。思来想去，两兄弟决定将玉兔藏在广寒宫。可嫦娥仙子性格古怪，不知道她能否收留玉兔呢？
