《名侦探柯南绀碧之棺》讲述了在小五郎的带领下，柯南一行人来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古流传着一则有关于沉没在海底的古代遗迹“海底宫殿”，以及300年前实际存在的女海盗“安‧宝妮”、“玛莉‧丽德”所遗留下来的宝藏传说。在海底宫殿附近的海底享受潜水乐趣的小兰和园子，意外遇到了一群正在寻找宝物的宝藏猎人，不料其中一名猎人突然遭到鲨鱼群的攻击，小兰和园子虽然幸运逃离，但该名猎人最后还是不幸身亡，闻讯赶来的柯南发现这名猎人的死因相当诡异，于是便与灰原一起展开调查。
这名猎人是否是因为海盗留下来的宝藏而遭到杀害？柯南等人一边寻找着行踪诡异的猎人下落，一边试图解开那则疑似为整个事件起因的宝藏传说，以及案发现场海底宫殿的谜题。经过一番调查之后，他们找到了一个神秘的名词“JOLLY ROGER（海盗旗）”，正当柯南就快要将整个传说的谜题解开之际，原本被发现的部分宝藏却突然遭神秘猎人夺走。
