《沧海的王子玛纳霏》讲述了在这世界的海洋的某处，坐落着他们“水之民”建造的“海之神殿亚克夏”，在那里藏着被称为“海之王冠”的秘室。但是，据说从来没人见到过……在那里，出现了追寻着传说之谜的宠物小精灵守护者——杰克·奥加（昵称：杰奇）。据说杰奇有一个机密的使命，就是保护海里小精灵的领袖——被称为“沧海的王子”的小精灵玛娜菲的蛋，并把蛋带到海之神殿亚克夏。宏美和小智他们决定协助他完成这项使命。幻影企图利用传说中的秘宝“海之王冠”的力量来征服世界。而且，貌似要揭开秘宝之谜，那个蛋是关键。连火箭队也来到了那里，引起了大骚动！杰奇利用捕获装置借用小精灵的力量赶去。小智和皮卡丘也加入战斗。但是，操控着高级技术机械的幻影比预想的要强大的多！出现大危机！
那时，蛋发出耀眼的光，玛娜菲终于诞生了！传说中的秘宝究竟是什么？玛娜菲到底有怎样神秘的力量呢？！
